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Dio Brando è ancora vivo, e non fu lui ad avere la peggio nello scontro finale della prima serie. La sua testa, staccata dal corpo, riuscì negli ultimi attimi prima dell'esplosione ad appropriarsi del corpo di Jonathan Joestar, per poi rinchiudersi nella sua bara e sprofondare nelle profondità marittime. Quasi cento anni dopo, la bara viene recuperata e portata in superficie da un gruppo di incauti marinai. Il nuovo JoJo, Jotaro Kujo, nipote giapponese di Joseph Joestar, scopre di essere un portatore di Stand: una capacità di percezione extrasensoriale che si concretizza in un corpo spirituale, attraverso il quale ogni portatore ha un suo potere specifico. Questo stesso potere è risvegliato nella famiglia Joestar da "segnali di pericolo" che manda il corpo di Jonathan Joestar di cui Dio Brando si è impadronito. Questo potere viene controllato con successo da Jotaro e Joseph, ma rischia di uccidere Holly Joestar, la madre di Jotaro e figlia di Joseph: l'unico rimedio per evitare la morte è uccidere Dio Brando, che i protagonisti scoprono essere ancora vivo e che si trova al Cairo. Inizia così un avventuroso viaggio dal Giappone fino all'Egitto attraverso l'Asia e l'India, nel quale Jotaro e il gruppo di suoi alleati portatori di Stand (tra cui l'ultrasessantenne Joseph Joestar) affrontano numerosi nemici anch'essi dotati di Stand (alcuni ispirati, come i loro, alle figure degli Arcani Maggiori dei Tarocchi, altri alle divinità egizie) inviati da Dio Brando.
Volume 18
Capitolo 108 - Posseduto!Capitolo 109 - Il mago delle fiamme
Capitolo 110 - Uno stand in me
Capitolo 111 - Il marchio dei Joestar
Capitolo 112 - L'orrido invasore
Capitolo 113 - Giudice e giuria
Capitolo 114 - Il maleficio di Dio
Capitolo 115 - I guerrieri dello stand
Capitolo 116 - Ghost in the machine
Capitolo 117 - Il mortale coleottero
Capitolo 118 - Il carro d'argento
Volume 19
Capitolo 119 - Il carro d'argento 2Capitolo 120 - Il carro d'argento 3
Capitolo 121 - La luna blu scuro
Capitolo 122 - La luna blu scuro 2
Capitolo 123 - La luna blu scuro 3
Capitolo 124 - La forza
Volume 20
Capitolo 125 - La forza 2Capitolo 126 - La forza 3
Capitolo 127 - Il diavolo
Capitolo 128 - Il diavolo 2
Capitolo 129 - Il diavolo 3
Capitolo 130 - Temperanza
Capitolo 131 - Temperanza 2
Volume 21
Capitolo 132 - Temperanza 3Capitolo 133 - Temperanza 4
Capitolo 134 - L'imperatore e l'appeso
Capitolo 135 - L'imperatore e l'appeso 2
Capitolo 136 - L'imperatore e l'appeso 3
Capitolo 137 - L'imperatore e l'appeso 4
Capitolo 138 - L'imperatore e l'appeso 5
Volume 22
Capitolo 139 - L'imperatore e l'appeso 6Capitolo 140 - L'imperatrice
Capitolo 141 - L'imperatrice 2
Capitolo 142 - L'imperatrice 3
Capitolo 143 - L'imperatrice 4
Capitolo 144 - La ruota della fortuna
Capitolo 145 - La ruota della fortuna 2
Volume 23
Capitolo 146 - La ruota della fortuna 3Capitolo 147 - La ruota della fortuna 4
Capitolo 148 - La giustizia
Capitolo 149 - La giustizia 2
Capitolo 150 - La giustizia 3
Capitolo 151 - La giustizia 4
Capitolo 152 - La giustizia 5
Volume 24
Capitolo 153 - La giustizia 6Capitolo 154 - L'innamorato
Capitolo 155 - L'innamorato 2
Capitolo 156 - L'innamorato 3
Capitolo 157 - L'innamorato 4
Capitolo 158 - L'innamorato 5
Capitolo 159 - L'innamorato 6
Volume 25
Capitolo 160 - Il soleCapitolo 161 - Il sole 2
Capitolo 162 - La morte 13
Capitolo 163 - La morte 13 - 2
Capitolo 164 - La morte 13 - 3
Capitolo 165 - La morte 13 - 4
Volume 26
Capitolo 166 - La morte 13 - 5Capitolo 167 - La morte 13 - 6
Capitolo 168 - Il giudizio
Capitolo 169 - Il giudizio 2
Capitolo 170 - Il giudizio 3
Capitolo 171 - Il giudizio 4
Volume 27
Capitolo 172 - Il giudizio 5Capitolo 173 - La sacerdotessa
Capitolo 174 - La sacerdotessa 2
Capitolo 175 - La sacerdotessa 3
Capitolo 176 - La sacerdotessa 4
Capitolo 177 - Il Matto e Geb
Volume 28
Capitolo 178 - Il Matto e Geb 2Capitolo 179 - Il Matto e Geb 3
Capitolo 180 - Il Matto e Geb 4
Capitolo 181 - Il Matto e Geb 5
Capitolo 182 - Il Matto e Geb 6
Capitolo 183 - Knum e Toth
Volume 29
Capitolo 184 - Knum e Toth 2Capitolo 185 - Knum e Toth 3
Capitolo 186 - Knum e Toth 4
Capitolo 187 - Anubi
Capitolo 188 - Anubi 2
Capitolo 189 - Anubi 3
Volume 30
Capitolo 190 - Anubi 4Capitolo 191 - Anubi 5
Capitolo 192 - Anubi 6
Capitolo 193 - Basteth
Capitolo 194 - Basteth 2
Capitolo 195 - Basteth 3
Volume 31
Capitolo 196 - Basteth 4Capitolo 197 - Basteth 5
Capitolo 198 - Basteth 6
Capitolo 199 - Seth
Capitolo 200 - Seth 2
Capitolo 201 - Seth 3
Volume 32
Capitolo 202 - Seth 4Capitolo 203 - Seth 5
Capitolo 204 - Lo stand di Dio
Capitolo 205 - D'Arby The Gambler
Capitolo 206 - D'Arby The Gambler 2
Capitolo 207 - D'Arby The Gambler 3
Volume 33
Capitolo 208 - D'Arby The Gambler 4Capitolo 209 - D'Arby The Gambler 5
Capitolo 210 - D'Arby The Gambler 6
Capitolo 211 - Hol Horse and Boingo
Capitolo 212 - Hol Horse and Boingo 2
Capitolo 213 - Hol Horse and Boingo 3
Volume 34
Capitolo 214 - Hol Horse and Boingo 4Capitolo 215 - Hol Horse and Boingo 5
Capitolo 216 - Pet Shop
Capitolo 217 - Pet Shop 2
Capitolo 218 - Pet Shop 3
Capitolo 219 - Pet Shop 4
Volume 35
Capitolo 220 - Pet Shop 5Capitolo 221 - D'Arby The Player
Capitolo 222 - D'Arby The Player 2
Capitolo 223 - D'Arby The Player 3
Capitolo 224 - D'Arby The Player 4
Capitolo 225 - D'Arby The Player 5
Volume 36
Capitolo 226 - D'Arby The Player 6Capitolo 227 - D'Arby The Player 7
Capitolo 228 - D'Arby The Player 8
Capitolo 229 - D'Arby The Player 9
Capitolo 230 - D'Arby The Player 10
Capitolo 231 - D'Arby The Player 11
Volume 37
Capitolo 232 - Vanilla Ice, l'interdimensionaleCapitolo 233 - Vanilla Ice, l'interdimensionale 2
Capitolo 234 - Vanilla Ice, l'interdimensionale 3
Capitolo 235 - Vanilla Ice, l'interdimensionale 4
Capitolo 236 - Vanilla Ice, l'interdimensionale 5
Capitolo 237 - Vanilla Ice, l'interdimensionale 6
Volume 38
Capitolo 238 - Vanilla Ice, l'interdimensionale 7Capitolo 239 - Vanilla Ice, l'interdimensionale 8
Capitolo 240 - Il mondo di Dio
Capitolo 241 - Il mondo di Dio 2
Capitolo 242 - Il mondo di Dio 3
Volume 39
Capitolo 243 - Il mondo di Dio 4Capitolo 244 - Il mondo di Dio 5
Capitolo 245 - Il mondo di Dio 6
Capitolo 246 - Il mondo di Dio 7
Capitolo 247 - Il mondo di Dio 8
Capitolo 248 - Il mondo di Dio 9
Volume 40
Capitolo 249 - Il mondo di Dio 10Capitolo 250 - Il mondo di Dio 11
Capitolo 251 - Il mondo di Dio 12
Capitolo 252 - Il mondo di Dio 13
Capitolo 253 - Il mondo di Dio 14
Volume 41
Capitolo 254 - Il mondo di Dio 15Capitolo 255 - Il mondo di Dio 16
Capitolo 256 - Il mondo di Dio 17
Capitolo 257 - Il mondo di Dio 18
Capitolo 258 - Epilogo - addio, amici
